Chọn kit xét nghiệm PCR và Realtime PCR cần cân nhắc gì?

Việc lựa chọn kit PCR hay realtime PCR phụ thuộc hoàn toàn vào phương pháp được lựa chọn của người sử dụng. Chính vì lẽ đó, hãy cùng tìm hiểu thêm những yếu tố giúp có thể dễ dàng lựa chọn giữa hai phương pháp PCR và realtime PCR.

1. Mục đích 

Dù phương pháp PCR hay realtime PCR đều là phương pháp khuếch đại DNA. Tuy nhiên, kết quả đầu ra của hai phương pháp này là khác nhau. 

Quá trình PCR tạo ra hàng triệu phiên bản DNA, đây cũng là nguồn nguyên liệu cho các quá ứng dụng sau đó như điện di, giải trình tự, tái tổ hợp gen,…. Để đọc được kết quả sau quá trình PCR, cần có bước điện di trên gel. Kết quả của PCR chỉ cho ta biết được có sự xuất hiện của đoạn gen hay không mà không thể cho biết chính xác số lượng gen đích trong phản ứng. Như vậy quá trình PCR chỉ có thể định tính. 

Quá trình realtime PCR, dù vẫn cùng nguyên tắc khuếch đại DNA như PCR, nhưng realtime PCR có khả năng định lượng bằng cách xác định được số lượng DNA được nhân lên qua từng chu kỳ của quá trình realtime PCR. Chính vì vậy, realtime PCR vừa có thể giúp định tính, vừa giúp định lượng. Kết quả của quá trình realtime PCR được hiển thị ngay trên màn hình máy tính qua từng chu kỳ. Tuy nhiên, kết quả của quá trình realtime không được sử dụng là nguyên liệu cho các ứng dụng sau đó như điện di, giải trình tự, tái tổ hợp gen.

2. Thời gian

Sau mục đích thì thời gian cũng là yếu tố thứ 2 nên được cân nhắc. Để có thể đọc được kết quả của cả 2 quá trình, PCR cần thêm một bước điện di trên gel. Chính vì vậy, thời gian để từ khi tiến hành đến đọc kết quả PCR, cần thêm thời gian của bước điện di trên gel. Điều này đẩy theo việc thời gian cho ra kết quả của quá trình PCR dài hơn so với realtime PCR.

3. Đối tượng

Như vậy, việc lựa chọn phương pháp khuếch đại  phù hợp với đối tượng, mục tiêu là 1 việc rất quan trọng. Đối với những thí nghiệm yêu cầu định lượng, phương pháp realtime PCR là 1 lựa chọn tối ưu. Nhưng đối với nhu cầu định tính, cả hai phương pháp PCR và realtime PCR đều có thể đáp ứng được. Tuy nhiên có thể cân nhắc thêm về các yếu tố bên ngoài và ứng dụng sản phẩn khuếch đại sau đó để lựa chọn phương pháp sử dụng cuối cùng.

Ví dụ như về số lượng mẫu cần thiết, nếu như số lượng mẫu lớn, cần tối ưu hoá thời gian và nhân lực, có thể cân nhắc việc sử dụng phương pháp realtime PCR cho định tính thay vì PCR. Sự tối ưu về thời gian của phương pháp realtime PCR giúp tăng được số lượng mẫu có thể thực hiện trong ngày hơn so với phương pháp PCR. 

4. Chi phí

Việc cân đối chi phí cho 1 phản ứng cũng là một trong những cân nhắc của người sử dụng. Việc một phản ứng sử dụng phương pháp realtime PCR sẽ tốn kém hơn một phản ứng sử dụng phương pháp PCR. Yêu cầu  về máy móc, thiết bị, vật tư của phương pháp realtime PCR cũng cao hơn so với phương pháp PCR. Chính vì vậy, với những thí nghiệm không yêu cầu sử dụng phương pháp realtime PCR, có thể cân nhắc sử dụng phương pháp PCR để tiết kiệm chi phí. 

Đối với những thí nghiệm sử dụng nguyên liệu là DNA, sử dụng phương pháp PCR có thể giúp dự trữ nguồn nguyên liệu, trong những trường hợp cần sự bổ sung hay thay thế lượng nguyên liệu này. Điều này ở phương pháp realtime PCR là không khả thi, bởi sản phẩm cuối cùng của quá trình này không thể sử dụng làm nguyên liệu cho quá trình nào khác.

Những yếu tố trên là những yếu tố cơ bản giúp người sử dụng dễ dàng cân nhắc, lựa chọn giữa hai phương pháp PCR và realtime PCR. Ngoài ra còn có những yếu tố khác như lựa chọn phương pháp phù hợp với thiết bị và vật tư tiêu hao sẵn có (có những thiết bị realtime PCR yêu cầu vật tư tiêu hao tương thích). Những yếu tố như quy mô và kỹ thuật phòng lab cũng là yếu tố để cân nhắc giữa hai phương pháp này

Các sản phẩm ABT cung cấp: Kit xét nghiệm Realtime PCR