Giải Pháp Phòng Ngừa Ngoại Nhiễm Trong Phản Ứng PCR Đến Từ Solis Biodyne

1. Tổng quan

Ngoại nhiễm trong khi làm thí nghiệm có thể hủy hoại kết quả của cả một ngày làm việc thậm chí có khi là một tuần. Kết quả không hợp lệ, phải vệ sinh lại khu vực làm việc dẫn đến lãng phí hóa chất và thời gian. Đồng thời việc thực hiện lại thí nghiệm cũng dẫn đến làm cạn kiệt nguồn mẫu. Vì vậy việc phòng ngừa ngoại nhiễm là hết sức cần thiết.

Hiện nay, các kỹ thuật khuếch đại DNA phổ biến như PCR và LAMP có độ nhạy rất cao. Với chu trình nhiệt và các cặp mồi được tối ưu, ngưỡng phát hiện có thể chỉ là một vài bản sao của trình tự đích. Đồng thời, sản phẩm của PCR thường khoảng 0,2mg và LAMP 10-20 mg tương đương hàng chục triệu bản sao của trình tự đích. Kết hợp hai yếu tố trên dẫn đến khả năng ngoại nhiễm nếu không cẩn thận là rất cao.

2. Hậu quả

Ngoại nhiễm sẽ dẫn đến hiện tượng dương tính giả làm hỏng thí nghiêm, dẫn đến phát hiện sai thậm chí chuẩn đoán sai. Kết quả chuẩn đoán sai có thể gây ra những biến chứng nghiêm trọng cho bệnh nhân khi điều trị các bệnh truyền nhiễm. Sự kết hợp giữa các phương pháp phòng ngừa chủ động và thao tác phòng thí nghiệm cận thận có thể giúp ngăn ngừa nguy cơ ngoại nhiễm. Một phương pháp phòng ngừa chủ động được đánh giá rất hiệu quả là sử dụng enzyme UNG (Uracil-DNA glycosidase).

3. Nguyên tắc

Nguyên tắc của giải pháp này là dùng các mix có thêm dUTP và enzyme UNG ngay từ khi bắt đầu sử dụng PCR trong chẩn đoán, để các sản phẩm khuếch đại từ DNA đích sẽ được đánh dấu khác biệt với DNA đích nhờ nhiều vị trí Thymine trên trình tự chuỗi của sản phẩm khuếch đại bị thay thế bởi Uracil do enzyme polymerase nhầm lẫn giữa Thymine và Uracil khi thực hiện khuếch đại.

Chính nhờ vậy, mà sản phẩm khuếch đại nếu bị ngoại nhiễm vào mix mới sẽ không thể tham gia vào phản ứng khuếch đại vì sẽ bị enzyme UNG phá hủy trước khi thực hiện khuếch đại. Ngoài ra, việc lựa chọn các polymerase có thể kết hợp tốt với Uracil cũng rất cần thiết. Vì vậy, Solis BioDyne khuyên dùng SolisFAST ® DNA polymerase, để cho hiệu quả kết hợp với dUTP tốt hơn so với các polymerase Taq DNA thông thường. Người dùng có thể yên tâm rằng RNA sẽ không bị phân huỷ khi sử dụng UNG. UNG không thể làm suy giảm các chuỗi trình tự chứa Uracil tự nhiên. 

Đối với thí nghiệm sử dụng sản phẩm khuếch đại của PCR, SolisFAST ® Master Mix with UNG là giải pháp hoàn hảo. Nó mang đến nhiều lợi ích: 

• Phương pháp chủ động để ngăn ngừa ngoại nhiễm:  Master Mix này chứa 100% dUTP và enzyme UNG ở nồng độ tối ưu.
• Giảm các thao tác pipet: Vì sản phẩm là Master Mix nên người dùng chỉ phải bổ sung thêm khuôn mẫu, mồi và nước. Người dùng có thể phân tích tối đa 18 mục tiêu trong cùng một phản ứng, giúp cho nó trở thành một giải pháp hiệu quả về chi phí.
• Thiết lập phản ứng ở nhiệt độ phòng:  SolisFAST ® DNA Polymerase và Salini UNG™ Uracil-N-Glycosylase có Stability TAG® giúp cải thiện đáng kể sự ổn định trong nhiệt độ phòng. Dẫn đến, không cần sử dụng đến những khay đá hay giá lạnh cồng kềnh.

Để thực hiện phát hiện 5 mục tiêu trong một phản ứng qPCR, SolisFAST ® Probe qPCR Mix with UNG là lựa chọn tốt nhất. Ngoài ra, hỗn hợp được tối ưu hóa để có được khả năng trị được các chất ức chế và tương thích với TaqMan ® và các loại đầu dò khác.