Yếu tố ảnh hưởng kết quả tách chiết DNA trong xét nghiệm dịch tả lợn châu Phi (phần 1)

        Quá trình tách chiết DNA/RNA trong xét nghiệm bằng phương pháp Realtime PCR luôn tiềm ẩn rất nhiều rủi ro dẫn đến kết quả sai lệnh của quá trình khuếch đại trình tự DNA/RNA sau đó. Vì vậy việc hiểu các yếu tố ảnh hưởng đến kết quả quá trình tách chiết là việc vô cùng quan trọng đối với các kĩ thuật viên. Đặc biệt đối với các loại xét nghiệm phổ biến như xét nghiệm dịch tả lợn châu Phi…

1. Nguyên liệu tách chiết

       Mỗi một quy trình tách chiết sẽ có những mục tiêu đầu ra khác nhau. Thông thường loại quy trình tách chiết được sử dụng nhiều và phổ biến đấy chính là tách chiết DNA/RNA. Lượng vật chất di truyền có thể được tách ra từ những nguồn khác nhau như từ các loại mô hay tế bào động vật hoặc tùy theo đặc tính của loại bệnh hay mục đích tách chiết. Những mẫu tách chiết thông thường sẽ là những mẫu mô, các loại tế bào và dịch tễ như máu, nước bọt hay thậm chí là cả những mẫu chất thải. Loại mẫu tách chiết cũng như chất lượng mẫu ảnh hưởng không nhỏ đến kết quả cuối cùng thu được của quá trình tách chiết. 

a. Mẫu tách chiết từ tế bào, mô thực vật

       Chất lượng mô, tế bào thực vật cũng ảnh hưởng đến chất lượng đầu ra của quá trình tách chiết. Độ già của mô ảnh hưởng rất lớn đến số lượng và chất lượng trong việc tách chiết vật chất di truyền. Những mô non, khoẻ mạnh, mềm, đặc biệt là những lá đang trong thời kỳ phát triển cũng là một sự lựa chọn lý tưởng nếu những mẫu tách chiết có sử dụng lá cây do lượng tế bào nhiều hơn là những lá, mô đã già. Những loại mô khác nhau ở thực vật cũng có những khó khăn khác nhau trong quá trình ly giải, vì thế việc chọn lựa và sử dụng phương pháp, hoá chất cũng có những sự khác nhau giữa các loại tế bào.

b. Mẫu tách chiết từ tế bào, mô động vật

       Việc nguồn gốc của những nguồn nguyên liệu này cũng sẽ dẫn đến những kết quả khác nhau về số lượng cũng như chất lượng vật chất di truyền tách được. Đối với những mẫu tách chiết sử dụng các tế bào, mỗi loại tế bào sẽ cho ra số lượng và chất lượng vật chất di truyền khác nhau. Đối với từng loại tế bào khác nhau thì lượng vật chất di truyền có thể tách chiết từ nó cũng sẽ khác nhau. Đối với những tế bào sống, lượng vật chất di truyền có thể tách được từ nó sẽ có số lượng lớn hơn so với những tế bào không còn sống (ví dụ như tế bào xương hay những mẫu hoá thạch) và dĩ nhiên là chất lượng của chúng cũng sẽ khác nhau.

c. Quá trình thu mẫu, bảo quản

      Quá trình thu mẫu cũng như bảo quản cũng là một trong những điều cần lưu ý để có được kết quả như mong đợi. Các mẫu thông thường phải được bảo quản ở điều kiện lạnh để tránh ảnh hưởng đến chất lượng của mẫu nhất có thể trong quá trình di chuyển hoặc làm thí nghiệm. Nếu quá trình thu mẫu thiếu cẩn thận có thể để mẫu bị nhiễm tạp chất ảnh hưởng đến kết quả sau khi tách chiết. Việc bảo quản mẫu nếu không tốt cũng làm ảnh hưởng đến số lượng vật chất di truyền thu được sau tách chiết.

d. Xét nghiệm dịch tả lợn châu Phi

Đơn cử khi xét nghiệm dịch tả lợn châu Phi do tác nhân ASFV gây nên, mẫu đầu vào cho quá trình tách chiết là các mẫu từ lách, hạch amydal, hạch bạch huyết, huyết thanh và mẫu máu toàn phần thận từ lợn. Vậy lựa chọn loại mẫu nào là tối ưu nhất đối với xét nghiệm bệnh dịch dịch tả lợn Châu phi? Câu trả lời có trong bài viết sau.

2. Hoá chất tách chiết

     Mỗi một mẫu tách chiết khác nhau đều yêu cầu có những loại hoá chất phù hợp. Sự khác biệt này là do mỗi một loại mẫu khác nhau đề có cấu trúc khác nhau và có những đặc tính chuyên biệt, vì vậy trong bước ly giải đầu tiên của quá trình tách chiết, cần những loại hoá chất khác nhau để có thể tương thích với các loại mẫu. 

     Việc chọn lựa đúng hoá chất với mẫu tách chiết giúp cho quá trình tách chiết thể mang lại kết quả, thu được lượng vật chất di truyền có chất lượng cũng như số lượng mong muốn. Vì hoá chất cũng như lượng hóa chất sử dụng sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả của quá trình tách chiết. 

     Đối với xét nghiệm dịch tả lợn châu Phi bằng phương pháp Realtime PCR, để đạt được độ đặc hiệu cao và kết quả chính xác, từ quá trình tách chiết đến quá trình Realtime các kỹ thuật viên đều cần lựa chọn loại hóa chất phù hợp. Nhằm mục đích giải quyết vấn đề nan giải trên, ABT cung cấp 2 bộ kit có thể dành cho xét nghiệm dịch tả lợn châu Phi bao gồm:

• Kit tách chiết TOPPURE® VIRAL DNA/RNA EXTRACTION KIT (HI-172)
• Kit Realtime TOPSPEC® ASFV QPCR KIT (SQV-101)

  

3. Thiết bị tách chiết

        Hiện tại có nhiều phương pháp tách chiết, mỗi phương pháp lại có những yêu cầu riêng về thiết bị sử dụng trong quá trình tách chiết. Việc lựa chọn thiết bị không những ảnh hưởng đến phương pháp tách chiết mà còn là phần tối ưu cho quá trình. Nếu tối ưu hoá được thiết bị có thể thu lại được lượng vật chất di truyền như mong muốn về số lượng cũng như chất lượng. Trong số các phương pháp tách chiết hiện đại, đã có không ít những phương pháp có thể sử dụng thiết bị tách chiết tự động, vừa tiết kiệm về mặt thời gian cũng như tránh được các nguy cơ lây nhiễm từ thiết bị cũng như môi trường vào trong mẫu tách chiết. Ví dụ điển hình có thể kể đến là phương pháp tách chiết từ, sử dụng máy tách chiết tự động giúp tối ưu hoá về thời gian cũng như chất lượng đối với những thí nghiệm có số lượng mẫu lớn.

Phần 1 kết thúc tại đây với 3 yếu tố khách quan đã nêu trên, phần 2 sẽ được xuất bản với 3 yếu tố chủ quan đến từ người làm xét nghiệm. Xin mời đón xem tại: Blog ABT

Mời tham khảo thêm các sản phẩm tách chiết khác tại: Sản phẩm ABT